Il a été arrêté dans l'ouest de l'île de Java pour être conduit au siège de la police à Jakarta. Selon la police Il est "soupçonné de lien avec le terrorisme". Bachir est considéré comme l'un des leaders spirituels de la mouvance islamiste radicale en Indonésie. Il a été présenté comme l'"émir" de la Jemaah Islamiyah (ou "communauté islamique"), un réseau clandestin qui lutte pour la création d'un Etat islamique sur une grande partie de l'Asie du Sud-est, du sud de la Thaïlande au sud des Philippines.
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